Después de proteger su ciudad de misteriosas criaturas, Alex Mercer es transportado al Netherrealm, mientras que Raiden tiene una visión de un terrible destino, a menos que logre rescatar al Mortal conocido como Alex Mercer antes de que Quan Chi haga de las suyas.

Dante es contratado para eliminar a un peligroso demonio conocido como Alex Mercer, quien últimamente ha estado destruyendo pueblos enteros, esto acabara con un enfrentamiento entre el virus Mercer contra el hijo de Sparda, sin embargo ninguno de los dos se imagina lo que un ser planea desde las sombras.

Mercer se dirige hacia Empire City y a Cole le avisan de un conductor sumamente poderoso que se dirige a su ciudad, esta serie de eventos llevaran a una batalla entre ambos héroes, pero que tiene que ver Alden Tate con esto, descúbranlo.

Los dioses del olimpo están perdiendo la guerra ante Kratos y los titanes, pero Zeus tiene un plan, con un poco de ayuda de las hermanas del destino puede traer un guerrero del futuro capaz de hacerle frente a Kratos, Zeus decide traer a Alex Mercer y poner a Alex y a Kratos en una batalla el uno contra el otro, pero que pasara cuando las cosas se salgan de control.